Обзор
Синтез и очистка олигонуклеотидов в России
Информация обновлена 16.12.2024

Компания

Crude

ВЭЖХ

ПААГ

ВЭЖХ+ПААГ

RP or С18

IEX

SEC

HIC

Lumiprobe

NA

-

+

+

+

+

-

-

Синтол

NA

+

+

NA

Inf

-

-

-

Eвроген

+

+

+

+

-

-

-

-

ДНК-Синтез

NA

+

+

+

-

-

-

-

Биолабмикс

NA

+

Inf

NA

+

-

-

-

Genterra

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Литех

-

+

-

-

-

-

-

-

БИОССЕТ**

+

+

+

NA

+

-

-

-

BioBeagle

NA

+

+

NA

-

-

-

-

ИХБФМ

NA

+

Inf

-

-

-

-

-

ИМБ РАН

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

Inf

АлкорБио

NA

+

+

NA

+

-

-

-

* NA – данных нет; не заявляется
*
Inf – информация не подтверждена

* Crude – крюд, продукт без очистки

* ВЭЖХ (HPLC) - очистка с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии
* ПААГ – очистка методом электрофореза в полиагриламидном геле
*
RP (RP-HPLC) или С18 – картриджи для ВЭЖХ с обращенной фазой
*
IEX (IEX-HPLC) - картриджи для ионообменной ВЭЖХ

* SEC – эксклюзионная хроматография

* HIC - гидрофобная хроматография взаимодействия

 

** Не производит зонды

Дополнительная информация

 

Некоторые нюансы синтеза олигов:

·        Чем длиннее желаемый продукт, тем ниже минимальный конечный выход. Например, для синтеза праймера длиной в 20 оснований, минимальный выход составит 75%, а при 35 оснований 60%. То есть остальной объем, это примеси, которые необходимо очистить и чем длиннее продукт, тем грязнее продукт.

·        Чем выше содержание GC (GC-content, %) в последовательности олигонуклеотидов тем хуже очистка, в связи с образованием высокостабильных вторичных структур.

 

Нюансы при заказе очистки в ПААГ:

·        Используется преимущественно для очистки зондов.

·        Для < 25 оснований очистка возможно до 95-99% чистоты.

·        Для > 30 оснований очистка возможна до 85-90%.

·        Подходит также для очистки длинных продуктов, более 40 оснований.

·        Эффективность очистки с помощью ПААГ возможна до 10 ОЕ (оптических единиц), чем выше, тем сильно хуже.

 

Нюансы при заказе очистки на ВЭЖХ (HPLC):

·        Используется для очистки немодифицированных олигонуклеотидов, подходит в основном для стандартной ПЦР без зондов.

·        Эффективная очистка возможна до 50 оснований.

 

Нюансы при заказе очистки на RP-HPLC или С18:

·        Универсальный метод очистки, включая очистку зондов.

·        Эффективно очищает олигонуклеотиды длиной не более 50 п.о.

 

Нюансы при заказе очистки на IEX-HPLC:

·        Используется для очистки длинных олигонуклеотидов (40-80 п.о.) для NGS или direct cloning.

·        Чистота 85%.